Separat type
Membranmodulet og bioreaktoren installeres separat.
Den blandede væske i bioreaktoren sættes under tryk af en cirkulationspumpe og pumpes derefter til filtreringsenden af membranmodulet. Under tryk trænger væsken i den blandede væske gennem membranen og bliver til det behandlede vand; faste stoffer og store molekyler tilbageholdes af membranen og returneres til bioreaktoren med koncentratet.
Integreret type
Membranmodulet er placeret inde i bioreaktoren. Fødevand kommer ind i membran-bioreaktoren, hvor de fleste forurenende stoffer fjernes af det aktiverede slam i den blandede væske, og derefter filtreres vandet ud af membranen under eksternt tryk.
Denne type membran-bioreaktor har et relativt lavt energiforbrug, fordi den eliminerer cirkulationssystemet for blandet væske og er afhængig af pumpe-assisteret filtrering; den har også et mere kompakt fodaftryk end den separate type og har fået stor opmærksomhed på vandbehandlingsområdet i de senere år. Den har dog generelt en relativt lav membranflux, er tilbøjelig til membranbegroning og er svær at rengøre og udskifte efter begroning.
Komposit type
Formmæssigt hører den også til kategorien integrerede membranbioreaktorer. Forskellen er, at pakkemateriale tilsættes inde i bioreaktoren for at danne en kompositmembranbioreaktor, som ændrer nogle af reaktorens egenskaber.
